Сан-Хуан является столицей и крупнейшим административным центром в Пуэрто-Рико. Он расположен на северо-восточном побережье Пуэрто-Рико, к югу от Атлантического океана, к северу от Гуайнабо и Трухийо Альто, к востоку от Байамона и к западу от Каролины. Территория города составляет 199,2 кв. км, 75,4 кв. км из всей площади занимает вода. Большую часть водной территории Сан-Хуана занимает залив Сан-Хуана и две естественные лагуны Кондадо и Сан Хосе. Сегодня Сан-Хуан является одним из важнейших портов Пуэрто Рико, его промышленным, финансовым, культурным и туристическим центром. Это первый из так называемых "муниципалитетов" Пуэрто-Рико, образованный в 1521 году, а также почти самый старый город (на 2-м месте после Санто-Доминго в Доминиканской республике) европейских колонистов в Америках.